学院采用二级管理体制，院部下设各业务部室。党支部、工会小组建在部室，形成党政工三位一体的管理结构。学院共设置院务办公室、教务处、中学教研部、小学教研部、学前教研部、教育科研室、德育研究室、教师培训部、干部培训部（教育党校）、教育信息中心、教育发展研究中心、教育国际交流中心等12个部门。各部门都有明确的功能定位，有详尽的办事流程和制度，不同的部门根据区域教育发展不同领域的需求提供全面的支持服务，同时由学院统一协调各部门的服务，形成合力。全院机构设置合理、运行规范高效。

学院以校长负责制为核心，制定了各层次的责任制要求。迄今已经制定或修订实施的主要规章制度有16项：教研员专业发展要求，师训管理制度，干训管理制度，教科研课题申报、立项、管理、评比规程，档案管理制度,财务审批制度，院行政会议制度（规范会议记录和议事程序），中层干部选拔任用实施办法，教职工聘用工作程序检查制度等。另外还制定有《党总支参与学院重大问题决策的实施意见》、《学院中心组学习制度》等制度。各种制度有实施、有落实、有监督。

学院强调依法管理，制订了《议事决策制度和程序》，严格按有关法律和规章制度办事。在学习参照《关于党委实施“三重一大”制度》等重要文件基础上，结合教院工作实际，出台了一系列有关行政、教学、人事、财务、财产等管理规章制度，加快了学院各项规章制度的完善、统一、规范，形成用制度管人管事的工作常规。